همسانه سازی و تعیین توالی پروتئاز ویروس برگ بادبزنی مو
عنوان دوره: بیست و دومین کنگره گیاهپزشکی ایران
نویسندگان
چکیده
ژنوم ویروس برگ بادبزنی مو (Grapevine fanleaf virus, GFLV) همانند سایر نپوویروس ها از دو مولکول RNA ی تک لا با قطبیت مثبت بنام های RNA 1 و RNA 2 تشکیل شده است که هر کدام از RNA های ژنومی یک پلی پروتئین رمز می کنند که توسط آنزیم پروتئاز ویروس به پروتئین های بالغ مورد نیاز برای چرخه ی همانند سازی هضم می شود. ژن 1DPRO که پروتئاز GFLV را رمزگردانی می کند. اطلاعات در مورد این پروتئین در مورد ها بویژه جدایه های ایرانی GFLV بسیار کم و یا وجود ندارد. هدف از این تحقیق، طراحی آغازگرهایی برای تکثیر و همسانه سازی ژن 1DPROدر جدایه های ایرانی GFLV و توالی یابی آن است. برای این منظور از جدایه های منطقه شیرامین واقع در استان آذربایجان شرقی که اطلاعات در مورد جدایه های آن نسبت به سایر مناطق زیادتر است استفاده شد. نمونه های برگی حاوی علایم GFLV از تاکستان های منطقه مذکور جمع آوری و با استفاده از DAS-ELISA آلودگی آنها به GFLV بررسی شد. توالی های گزارش شده GFLV RNA1 از پایگاه اطلاعاتی کسب و پس از زیرهمچینی با نرم فزار Clustl W با استفاده از Peimer3 آغازگرهای دژنره طراحی شدند. از نمونه های آلوده، RNAی کل استخراج و با استفاده از آغازگرهای طراحی شده طی واکنش نسخه‌برداری معکوس برای بررسی تکثیر ژن 1DPRO مورد استفاده قرار گرفتند. محصولاتRT-PCR از ژل استخراج و به حاملpTG19-T الحاق و پلاسمیدهای نوترکیب پس از انتخاب، توالی یابی شدند. اندازه این ژن در Arabis mosaic virus و GFLV 657 نوکلئوتید است که در این تحقیق 620 نوکلئوتید از آن بطور موفقیت آمیز با استفاده از آغازگرهای طراحی شده تکثیر شد. سایر آغازگرهای طراحی شده قادرنبودند تا این ژن را بطور کامل تکثیر کنند. نتایج حاصل از تعیین توالی محصولات همسانه سازی شده، درستی ژن همسانه سازی شده را تایید کردند. میزان تشابه این ژن در بین جدایه های تعیین توالی شده 3/99-1/91% و با جدایه های گزارش شده از سایر کشورها 82-76% و با جدایه های ArMV حدود 80-69% در سطح اسیدهای نوکلئیک و به همان ترتیب 99-7/92%، 90-84% و 79-75% در سطح اسیدهای آمینه است. بخش مرکزی این ژن در اغلب جدایه های این دو ویروس محافظت شده است که احتمالا حاوی موتیف های ضروری برای عملکرد این پروتئین است. از آنجا که هنوز موتیف ها و نحوه عملکرد این پروتئین شناخته نشده است نمی توان تاثیر این جهش ها را در عملکرد پروتئین دانست. آنالیزهای فیلوژنی انجام شده بر اساس تقریبا 93 درصد ژن1DPROنشان داد که جدایه های ایرانی در زیر شاخه ای جداگانه و در کنار جدایه های Grapevine deformation virus و GFLV قرار گرفتند. مطالعات بیشتر برای بررسی نقش این ژن و همسانه سازی کامل آن در حال انجام است.
کلیدواژه ها