شناسایی عمل‌گرهای فیتوپلاسمای جاروک لیموترش در گیاه آلوده
عنوان دوره: بیست و دومین کنگره گیاهپزشکی ایران
نویسندگان
چکیده
بیماری جاروک لیموترش ناشی از Candidatus phytoplasma aurantifolia یکی از عوامل مهم خسارت در باغ های لیمو ترش در مناطق جنوبی ایران می‌باشد. پیش از این جاروک لیمو ترش از کشورهای عمان و امارات متحده عربی گزارش شده و در این کشور ها نیز باعث نابودی باغ های لیمو ترش شده است.
اطلاعات چندانی در رابطه با نحوه برهمکنش این بیمارگر با گیاه میزبان و پروتئین‌های دخیل در این امر در دسترس نمی‌باشد. از آنجا که ژنوم فیتوپلاسمای جاروک لیموترش توالی‌یابی نشده است به منظور ردیابی عمل‌گرهای آن ، ژنوم فیتوپلاسمای جاروک بادام زمینی با استفاده از نرم‌افزار SignalP version 3 واکاوی شد. پروتئین‌های عمل‌گر موجود در ژنوم این فیتوپلاسما شناسایی شده و بر اساس توالی این پروتئین‌ها پرایمرهای مورد نیاز طراحی شدند. استخراج دی‌ان‌اِ از بافت گیاه آلوده لیموترش به روش CTAB انجام شد و در واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز به کار رفت. به طور کلی 8 عمل‌گر با استفاده از این روش تکثیر شدند که درصد مشابهت توالی آنها با عمل‌گرهای موجود در ژنوم فیتوپلاسمای جاروک بادام زمینی، 50 تا 100 درصد می‌باشد. توالی عمل‌گر SAP11 در هر دو فیتوپلاسما یکسان (100% شباهت) بوده و با توجه به شناسایی این عمل‌گر در فیتوپلاسماهای گروه‌های دیگر به نظر می‌رسد که به عنوان یک عمل‌گر عمومی در بسیاری از فیتوپلاسماها دارای نقش مهمی در برهمکنش با گیاه میزبان باشد. از طرف دیگر با توجه به شباهت کم همولوگ‌های دو عمل‌گر Eff64 و Eff99 موجود در ژنوم دو فیتوپلاسما به نظر می‌رسد که این دو عمل‌گر نقش‌های اختصاصی‌تری در آلودگی گیاه میزبان مربوط به هر فیتوپلاسما داشته باشند. به منظور بررسی وجود ترانوشت این عمل‌گرها در گیاه آلوده لیموترش، استخراج آران‌اِ از گیاه آلوده صورت گرفته و با استفاده از آنزیم ترانسکریپتاز معکوس (Reverse transcriptase) دی‌ان‌اِی مکمل سنتز گردید. وجود ترانوشت مربوط به هر عمل‌گر با استفاده از پرایمر اختصاصی آن عمل‌گر در آزمون واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز بررسی شد. از بین 8 عمل‌گر شناسایی شده تنها ترانوشت 5 عمل‌گر در گیاه آلوده لیموترش قابل ردیابی بود که نشاندهنده عدم بیان و یا بیان بسیار پایین سه ژن دیگر در گیاه لیموترش می‌باشد. ترانوشت 2 عمل‌گر WBDLEff64 و WBDLEff99 در PCR مستقیم قابل ردیابی بوده در صورتی که ترانوشت سایر عمل‌گرها در PCR دو مرحله‌ای قابل ردیابی می‌باشد که نشان می‌دهد دو عمل‌گر WBDLEff64 و WBDLEff99 در گیاه آلوده در سطوح بالاتری بیان می‌شوند. شناسایی بیشتر این پروتئین‌ها و استفاده از آنها در جهت ایجاد مقاومت می‌تواند یکی از راهکارهای مفید در مقابله با این بیمارگر باشد.
اطلاعات چندانی در رابطه با نحوه برهمکنش این بیمارگر با گیاه میزبان و پروتئین‌های دخیل در این امر در دسترس نمی‌باشد. از آنجا که ژنوم فیتوپلاسمای جاروک لیموترش توالی‌یابی نشده است به منظور ردیابی عمل‌گرهای آن ، ژنوم فیتوپلاسمای جاروک بادام زمینی با استفاده از نرم‌افزار SignalP version 3 واکاوی شد. پروتئین‌های عمل‌گر موجود در ژنوم این فیتوپلاسما شناسایی شده و بر اساس توالی این پروتئین‌ها پرایمرهای مورد نیاز طراحی شدند. استخراج دی‌ان‌اِ از بافت گیاه آلوده لیموترش به روش CTAB انجام شد و در واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز به کار رفت. به طور کلی 8 عمل‌گر با استفاده از این روش تکثیر شدند که درصد مشابهت توالی آنها با عمل‌گرهای موجود در ژنوم فیتوپلاسمای جاروک بادام زمینی، 50 تا 100 درصد می‌باشد. توالی عمل‌گر SAP11 در هر دو فیتوپلاسما یکسان (100% شباهت) بوده و با توجه به شناسایی این عمل‌گر در فیتوپلاسماهای گروه‌های دیگر به نظر می‌رسد که به عنوان یک عمل‌گر عمومی در بسیاری از فیتوپلاسماها دارای نقش مهمی در برهمکنش با گیاه میزبان باشد. از طرف دیگر با توجه به شباهت کم همولوگ‌های دو عمل‌گر Eff64 و Eff99 موجود در ژنوم دو فیتوپلاسما به نظر می‌رسد که این دو عمل‌گر نقش‌های اختصاصی‌تری در آلودگی گیاه میزبان مربوط به هر فیتوپلاسما داشته باشند. به منظور بررسی وجود ترانوشت این عمل‌گرها در گیاه آلوده لیموترش، استخراج آران‌اِ از گیاه آلوده صورت گرفته و با استفاده از آنزیم ترانسکریپتاز معکوس (Reverse transcriptase) دی‌ان‌اِی مکمل سنتز گردید. وجود ترانوشت مربوط به هر عمل‌گر با استفاده از پرایمر اختصاصی آن عمل‌گر در آزمون واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز بررسی شد. از بین 8 عمل‌گر شناسایی شده تنها ترانوشت 5 عمل‌گر در گیاه آلوده لیموترش قابل ردیابی بود که نشاندهنده عدم بیان و یا بیان بسیار پایین سه ژن دیگر در گیاه لیموترش می‌باشد. ترانوشت 2 عمل‌گر WBDLEff64 و WBDLEff99 در PCR مستقیم قابل ردیابی بوده در صورتی که ترانوشت سایر عمل‌گرها در PCR دو مرحله‌ای قابل ردیابی می‌باشد که نشان می‌دهد دو عمل‌گر WBDLEff64 و WBDLEff99 در گیاه آلوده در سطوح بالاتری بیان می‌شوند. شناسایی بیشتر این پروتئین‌ها و استفاده از آنها در جهت ایجاد مقاومت می‌تواند یکی از راهکارهای مفید در مقابله با این بیمارگر باشد.
کلیدواژه ها