عنوان دوره: بیست و دومین کنگره گیاهپزشکی ایران

ناهید مرادی؛ حمید رجبی معماری؛ مهدی مهرابی کوشکی؛ کوروش طاهرخانی؛ حسین موذن رضامحله؛ فاطمه شیخی؛ ندا نصیرپور؛ زینب سنجابی فرد

نیشکر (Saccharum officinarum L.) یکی از گیاهان قندی مهم است که بخش اصلی شکر مصرفی مردم جهان را تأمین می‌کند. ویروس‏های ایجاد کننده موزائیک یکی از مخرب‌ترین و گسترده‌ترین بیماری‏های ویروسی نیشکر هستند. ویروس موزائیک نواری نیشکر، گونه‏ای از جنس جدید Poacevirus در خانواده Potyviridae است و علائم آن مختلط با سایر ویروس‏های ایجاد کننده‏ی موزائیک در ویروس موزائیک نیشکر و ویروس موزائیک سورگوم است. با توجه به راهبردی بودن زراعت نیشکر در استان خوزستان و نامشخص بودن وضعیت آلودگی به این ویروس در اراضی استان این تحقیق جهت ردیابی و تعیین پراکنش ویروس موزائیک نواری نیشکر و بررسی فیلوژنی جدایه‏های بومی استان با سایر استرین‏های شناخته شده برنامه‏ریزی شد. در سال زراعی 1394-1393، برگ‏های حاوی علائم از مزارع جمع‏آوری و بر روی یخ به آزمایشگاه منتقل شدند. آر ان آ کل از بافت برگ با استفاده از روش تغییر یافته و بهینه شده مبتنی بر مصرف فنل کلروفرم و بافر تنس استخراج شد. نسخه‏برداری معکوس و واکنش زنجیره‏ای پلیمراز با استفاده از جفت پرایمر اختصاصی رفت و برگشت SCSMV-F/R طراحی شده از توالی پروتئین پوششی و NIb پروتئین برای تکثیر قطعه‏ای به طول 570 کیلو باز انجام شد. بر اساس آنالیز محصولات واکنش زنجیره‌ای پلیمراز و با در نظر گرفتن تکثیر ناحیه هدف، از 90 نمونه بررسی شده مربوط به شش کشت و صنعت نیشکر، 16 نمونه آلوده به ویروس موزائیک نواری نیشکر تشخیص داده شد. قطعات تکثیری با استفاده از روش رسوب با اتانول خالص‏سازی و سپس توالی‏یابی شدند. توالی‌های بدست آمده ویراستاری و مونتاژ شدند. توالی شش نمونه مربوط به سه کشت و صنعت نیشکر در بانک ژن ذخیره و تحت شماره‌های دسترسی KR868693، KU297228،KU323638 ، KU297229، KR920050 و KU297230 قرار گرفتند. پس از ویراستاری توالی‏ها؛ جستجوی BLASTn برای بررسی میزان شباهت توالی‏ جدایه‏های مورد مطالعه با توالی استرین‏های مرجع انجام گرفت و بر اساس آن جدایه‏ها بیش از 90 درصد شباهت با سایر استرین‏های های موجود در بانک ژن نشان دادند. جدایه‏های SCSMV-3 و SCSMV-39 به ترتیب با 97 و 96 درصد شباهت بالاترین شباهت را با استرینی از پاکستان و جدایه‏های SCSMV-33، SCSMV-34 و SCSMV-36 با 93 درصد شباهت بالاترین شباهت را با استرینی از چین نشان دادند. همچنین جدایه SCSMV-37 با 96 درصد شباهت بالاترین شباهت را با استرینی از پاکستان نشان داد. درخت فیلوژنتیکی بر اساس الگوریتم درست‏نمایی بیشینه ترسیم و مشخص شد که استرین‏هایی از پاکستان و هند به همراه جدایه‏های بومی یک کلاد و استرین‏هایی از هند، چین، اندونزی، ژاپن و تایلند در یک کلاد متفاوت قرار گرفتند. آنالیز درست‏نمایی بیشینه نشان داد که استرین‏هایی از پاکستان و هند به همراه جدایه‏های ایران از جمعیت‏های این ویروس از مناطق مختلف چین، اندونزی و تایلند منشأ گرفته‏اند.

Poacevirus؛ ویروس موزائیک سورگوم؛ NIb پروتئین؛ پروتئین پوششی