عنوان دوره: بیست و دومین کنگره گیاهپزشکی ایران

سید حسین میربابایی کرانی؛ عباس بهاری؛ داود کولیوند؛ علی اسکندری

میکروآر‏ان‏ای بالغ (miRNA) توالی‏های کوچک غیر کد شونده 19-24 نوکلوتیدی هستند که از یک پیش‏ساز بزرگ با ساختار ساقه حلقه ناقص مشتق می‏گردند. با توجه به ماهیت شدیداً محافظت شده میکرو‏آر‏ان‌ها، استفاده از ژنتیک مقایسه‏ای برای پیش‏بینی این ترکیبات بسیار حایز اهمیت است. توالی‏های موجود در دیتابیس EST یکی از قویترین داده‏ها برای پیش‏بینی میکروآر‏ان‏ای در موجوداتی هستند که ژنوم کامل آنها در دسترس نمی‏باشد. با توجه به دسترس بودن داده‏های EST قسمت حباب انتهایی نماتد سیست سویا و همچنین اهمیت غدد حباب انتهایی نماتدها در چرخه زندگی و نقش کلیدی مواد و پروتئین‏های تولید شده در این غدد در تشکیل سینکیتیوم و بیماری‏‎زایی، در این تحقیق پیش‏بینی میکروآر‏ان‏ای بصورت in silico مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور تعداد 11260 توالی مربوط به غدد حباب انتهایی نماتد سیست سویا از پایگاه داده EST با 35000 میکرو آر‏ان‏ای ثبت شده در سایت mirbase (http://www.mirbase.org/ftp.shtml) همردیف سازی گردید. در ادامه، EST هایی که دارای توالی‏های مشابه (حداقل شباهت 18 نوکلئوتید و حداکثر تفاوت سه نوکلئوتید) با میکرو آر‏ان‏ای ثبت شده بودند، انتخاب شدند. در نتیجه EST هایی که دارای شرایط مذکور بودند به 1029 عدد کاهش یافت. در ادامه برای حذف توالی‌هایی که بصورت بالقوه توانایی رمز کردن پروتئین را دارند، blastx انجام شد. بر همین اساس تعداد توالی‌های EST با شرایط گفته شده در قبل، به 102 توالی EST رسید. در مرحله بعد، توالی انتخاب شده از EST که پتانسیل عمل به عنوان میکروآران‌ای را دارد از نظر ساختار (fold) مورد بررسی قرار گرفتند تا توالی میکرو آران‏ای در یک ساختار ساقه حلقه مناسب قرار گرفته باشد و همچنین از نظر سایر معیار‏ها بشرح زیر بررسی شدند: حد اکثر عدم مطابقت توالی نوکلئوتیدی با بازوی روبه رویی در ساختار ساقه - حلقه 6 عدد باشد، عدم مطابقت توالی نوکلئوتیدی ایجاد شده بین توالی مشابه میکرو‏آر‏ان‏ای و بازوی مقابل در هر حلقه بیشتر از 3 عدد نباشد، حداقل انرژی فولدینگ توالی حامل میکروآر‏ان‏ای کمتر از منفی30 باشد، شاخص MFEI بالاتر از 85/0 باشد، درصد A+U در ساختار میکرو‏آر‏ان‏ای بالغ بین 30-70 درصد باشد. در نتیجه فیلتر‏های انجام شده تعداد 10 توالی EST ثبت شده در پایگاه داده NCBI (JZ688019, JZ689491, JZ682416, JZ686167, JZ685770, JZ689442, JZ686694, JZ688510, JZ692553, JZ687717) انتخاب گردید. میکروآر‏ان‏ای‏های انتخاب شده در این سیستم در طرح آزمایشگاهی در حال ارزیابی عملکرد از نظر تاثیر بر بیان ژن‏های هدف خود می‏باشند.

تنظیم بیان ژن؛ حباب انتهایی؛ مطالعه مقایسه‏ای