ردیابی و پراکنش ویروس موزائیک نواری نیشکر در اراضی نیشکر استان خوزستان
عنوان دوره: بیست و دومین کنگره گیاهپزشکی ایران
نویسندگان
ناهید مرادی ، حمید رجبی معماری ، مهدی مهرابی کوشکی ، کوروش طاهرخانی ، حسین موذن رضامحله ، فاطمه شیخی ، ندا نصیرپور ، زینب سنجابی فرد
چکیده
نیشکر (Saccharum officinarum L.) یکی از گیاهان قندی مهم است که بخش اصلی شکر مصرفی مردم جهان را تأمین می‌کند. ویروسهای ایجاد کننده موزائیک یکی از مخرب‌ترین و گسترده‌ترین بیماریهای ویروسی نیشکر هستند. ویروس موزائیک نواری نیشکر، گونهای از جنس جدید Poacevirus در خانواده Potyviridae است و علائم آن مختلط با سایر ویروسهای ایجاد کنندهی موزائیک در ویروس موزائیک نیشکر و ویروس موزائیک سورگوم است. با توجه به راهبردی بودن زراعت نیشکر در استان خوزستان و نامشخص بودن وضعیت آلودگی به این ویروس در اراضی استان این تحقیق جهت ردیابی و تعیین پراکنش ویروس موزائیک نواری نیشکر و بررسی فیلوژنی جدایههای بومی استان با سایر استرینهای شناخته شده برنامهریزی شد. در سال زراعی 1394-1393، برگهای حاوی علائم از مزارع جمعآوری و بر روی یخ به آزمایشگاه منتقل شدند. آر ان آ کل از بافت برگ با استفاده از روش تغییر یافته و بهینه شده مبتنی بر مصرف فنل کلروفرم و بافر تنس استخراج شد. نسخهبرداری معکوس و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز با استفاده از جفت پرایمر اختصاصی رفت و برگشت SCSMV-F/R طراحی شده از توالی پروتئین پوششی و NIb پروتئین برای تکثیر قطعهای به طول 570 کیلو باز انجام شد. بر اساس آنالیز محصولات واکنش زنجیره‌ای پلیمراز و با در نظر گرفتن تکثیر ناحیه هدف، از 90 نمونه بررسی شده مربوط به شش کشت و صنعت نیشکر، 16 نمونه آلوده به ویروس موزائیک نواری نیشکر تشخیص داده شد. قطعات تکثیری با استفاده از روش رسوب با اتانول خالصسازی و سپس توالییابی شدند. توالی‌های بدست آمده ویراستاری و مونتاژ شدند. توالی شش نمونه مربوط به سه کشت و صنعت نیشکر در بانک ژن ذخیره و تحت شماره‌های دسترسی KR868693، KU297228،KU323638 ، KU297229، KR920050 و KU297230 قرار گرفتند. پس از ویراستاری توالیها؛ جستجوی BLASTn برای بررسی میزان شباهت توالی جدایههای مورد مطالعه با توالی استرینهای مرجع انجام گرفت و بر اساس آن جدایهها بیش از 90 درصد شباهت با سایر استرینهای های موجود در بانک ژن نشان دادند. جدایههای SCSMV-3 و SCSMV-39 به ترتیب با 97 و 96 درصد شباهت بالاترین شباهت را با استرینی از پاکستان و جدایههای SCSMV-33، SCSMV-34 و SCSMV-36 با 93 درصد شباهت بالاترین شباهت را با استرینی از چین نشان دادند. همچنین جدایه SCSMV-37 با 96 درصد شباهت بالاترین شباهت را با استرینی از پاکستان نشان داد. درخت فیلوژنتیکی بر اساس الگوریتم درستنمایی بیشینه ترسیم و مشخص شد که استرینهایی از پاکستان و هند به همراه جدایههای بومی یک کلاد و استرینهایی از هند، چین، اندونزی، ژاپن و تایلند در یک کلاد متفاوت قرار گرفتند. آنالیز درستنمایی بیشینه نشان داد که استرینهایی از پاکستان و هند به همراه جدایههای ایران از جمعیتهای این ویروس از مناطق مختلف چین، اندونزی و تایلند منشأ گرفتهاند.
کلیدواژه ها