شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی پکتوباکتریوم‌های عامل پوسیدگی نرم سیب‌زمینی در استان اردبیل
عنوان دوره: بیست و دومین کنگره گیاهپزشکی ایران
نویسندگان
چکیده
سیب‌زمینی یکی از مهم‌ترین محصولات کشاورزی در ایران است و استان اردبیل از نظر میزان تولید رتبه دوم را داراست. پوسیدگی‌نرم از بیماری‌های مهم باکتریایی سیب‌زمینی است که خسارت شدید به محصول سیب‌زمینی در مزرعه و انبار وارد می‌کند و عملکرد آن را کاهش می‌دهد. متداولترین عامل این بیماری باکتری Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorumمی‌باشد اما در ایران گونه‌های Pectobacterium atrosepticum و Pectobacterium wasabiae نیز به عنوان عامل پوسیدگی نرم باکتریایی سیب-زمینی گزارش شده اند. شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی در جمعیت عوامل بیماریزا از اهمیت زیادی در تاکسونومی، اپیدمیولوژی و مدیریت برخوردار است. در این بررسی از مزارع سیب‌زمینی و انبارهای مهم نگهداری غدد بذری در سطح استان اردبیل (اردبیل، نمین و نیر) طی فصول بهار و تابستان بازدید و از ساقه و غده‌های سیب‌زمینی با علایم پوسیدگی نرم به همراه خاک اطراف آنها نمونه‌برداری انجام شد. سپس 33 جدایه پکتولیتیکی روی محیط‌های کشتagar Nutrient وEosin methylene blue جداسازی شد و به همراه شش جدایه استاندارد متعلق به گونه‌هایPectobacterium atrosepticum، P. carotovorum و Dickeya dianthicola مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس خصوصیات فنوتیپی شامل گرم منفی، بی‌هوازی اختیاری، تولید پوسیدگی نرم در ورقه‌های سیب‌زمینی و رشد در 37 درجه سانتی‌گراد، واکنش منفی به آزمون‌های فسفاتاز، آرژنین دهیدرولاز، هیدرولیز نشاسته و حساسیت به اریترومایسین، عدم تولید لوان و اندول، تولید اسید از قندهای لاکتوز، ملی‌بیوز، رافینوز، آرابینوز، ترهالوز، مانیتول و مایواینوزیتول و عدم استفاده از آلفا متیل گلوکوزید، آرابیتول، سوربیتول و مالونات به عنوان گونه Pectobacterium carotovorum شناسایی شد. شناسایی مولکولی جدایه‌ها با استفاده از آغازگرهای اختصاصی گونه شامل ExpccF/ExpccR (اختصاصی گونه‌های P. carotovorum و P. wasabiae)، Y1/Y2 ( اختصاصی گونه-های Pectobacterium spp. به جزء P. betavasculorum و Dickeya) وEca1F/Eca2R (اختصاصی گونه P. atrosepticum) نتایج حاصل از آزمون‌های فنوتیپی تایید شد. با جفت آغازگرهای Y1/Y2 و ExpccF/ExpccR در تمام استرین‌های جداسازی شده و همچنین استرین‌های استاندارد متعلق به گونه P. carotovorum قطعات مورد انتظار به ترتیب 434 و 550 جفت باز تکثیر شد. برای ردیابی دقیق گونه P. atrosepticum از آغازگر Eca1F/2R که قادر به تکثیر قطعه‌ای 690 جفت بازی در این گونه می‌باشد، استفاده گردید. با توجه به نتایج حاصله فقط در جدایه‌های استاندارد متعلق به این گونه باند مورد نظر تکثیر گردید و در تمام جدایه-های مورد بررسی باندی ملاحظه نشد. تنوع ژنتیکی در جدایه‌های منتخب به روش مولکولی rep-PCR با آغازگر BOX-AIR مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس تجزیه خوشه‌ای داده‌ها به روش UPGMA و توسط نرم‌افزار NTSYSجدایه‌ها در دو گروه اصلی و چهار زیر گروه قرار گرفتند که نشان‌دهنده تنوع ژنتیکی در بین جدایه‌های مختلف بود ولی بین جدایه‌های هر گروه و منطقه جغرافیایی جدایه‌ها ارتباطی وجود نداشت.
کلیدواژه ها